Enquanto o padrão de cortisol livre na saliva tem valor clínico, há uma peça significativa faltando para examinar a função do eixo HPA (Hipotálamo-Hipófise-Adrenal) de um paciente com o teste de saliva – mensuração do cortisol metabolizado. Para caracterizar adequadamente o estado de cortisol de um paciente, o cortisol livre e metabolizado deve ser medido para evitar resultados enganosos quando a depuração do cortisol é anormalmente elevada ou baixa. Da mesma forma com os hormônios sexuais, a medição de metabólitos de estrógenos e andrógenos dá uma imagem mais completa para um diagnóstico clínico mais preciso de desequilíbrios hormonais e monitoramento de TRH.
Existem dois principais inconvenientes para o teste de urina de hormônios. Primeiro, a coleta é complicada, e até 40% daqueles que coletam, fazem de forma errada (Tanaka, 2002). Em segundo lugar, a disfunção no padrão diurno de cortisol não pode ser determinada à partir de uma coleta de 24 horas. O padrão diário de cortisol livre anteriormente só estava disponível com testes salivares.
Enquanto o método de teste mais universalmente aceito (devido à disponibilidade de analisadores FDA-cleared que são confiáveis e baratos), o teste de soro falha em algumas áreas. Os hormônios adrenais não podem ser efetivamente testados no soro porque o cortisol livre não pode ser testado ao longo do dia. Existe também uma falta de testes extensivos de metabólitos (especialmente para cortisol e estrogênios).